十三大后，党领导全国人民沿着有中国特色社会主义道路继续前进，努力实现社会稳定和经济发展。1984年到1988年，我国经济经历了一个加速发展的飞跃时期。国民生产总值从7171亿元增加到14928亿元；国家财政收入从1642.86亿元增加到2357.24亿元；社会商品零售总额从3376.4亿元增加到7440亿元。外贸进出口总额从535.5亿美元增加到1027.9亿美元；实际利用外资从27.05亿美元增加到102.26亿美元。展现了农业和工业、农村和城市、改革和发展相互促进的生动局面，整个国民经济提高到一个新水平。
在加速发展过程中，也出现了一些问题。这主要是物价波动较大，通货膨胀加剧，重复建设严重，经济发展过热。1984年到1988年国民收入只增长70%，而全社会固定资产投资增长214%，城乡居民货币收入增长200%，投资和消费的增长与国民收入增长的比例严重失调。1988年夏季，在经济秩序特别是流通秩序的混乱状况没有得到扭转的情况下，中央宣布放开大部分商品价格，实行价格改革“闯关”。但这一决策未能充分考虑国家、企业和群众的承受能力，结果诱发全国性抢购风潮，影响了社会的安定。为扭转严峻的经济形势，1988年9月，党的十三届三中全会决定，用一段时间治理经济环境、整顿经济秩序，扭转物价上涨幅度过大的态势，创造理顺价格的条件，更好地推进改革和建设。根据这一决定，国务院相继采取一系列治理整顿的措施，压缩投资和消费需求，加强对物价的调控和管理，整顿经济生活特别是流通领域中的各种混乱现象。经过一年左右的治理整顿，取得初步效果，一度过旺的社会需求开始得到控制，过高的工业生产速度有所回落。
正当治理整顿工作需要进一步推进，以解决一些深层次问题时，改革开放和经济建设的进程却受到严重干扰。
长期以来，一些西方国家的政治势力有计划地通过种种渠道对社会主义国家进行思想、政治渗透，竭力支持和扶植各种反共反社会主义活动。八十年代末，东欧一些社会主义国家开始出现动荡。西方敌对势力加紧推行和平演变战略，通过多种渠道对中国施加影响，使国内搞资产阶级自由化的人受到鼓舞。由于在一段时间里，党内少数领导同志在推进改革开放，大力发展经济的同时，对坚持四项基本原则缺乏一贯性，忽视党的自身建设和社会主义精神文明建设，思想政治工作受到削弱，少数干部中滋生了相当严重的腐败现象，损害了党在群众中的威信和社会主义在人们心目中的形象。致使一度收敛的资产阶级自由化思潮再度泛滥。1989年春夏，极少数反共反社会主义分子利用党在工作中的失误和人民群众对物价上涨，特别是对一些干部中腐败现象的不满情绪，进行煽动反对共产党的领导、反对社会主义制度的活动。他们借群众悼念胡耀邦逝世这件事，大肆散布谣言，掀起一场有计划、有组织、有预谋的政治动乱，并在北京地区煽动一些不明真相的人占据天安门广场，冲击党政首脑要害部门，制造反革命暴乱。在关系党和国家生死存亡的关键时刻，党中央总书记赵紫阳犯了支持动乱和分裂党的严重错误。中央政治局在邓小平和其他老一辈革命家坚决有力的支持下，依靠人民，旗帜鲜明地反对动乱，并采取果断措施，在6月4日一举平息反革命暴乱，捍卫了社会主义国家政权，维护了人民的根本利益。
6月9日，邓小平接见首都戒严部队军以上干部，并发表讲话指出:这场风波迟早要来。这是国际大气候和中国自己的小气候决定了的。他要求全党，很冷静地考虑一下过去，也考虑一下未来，对的要继续坚持，错误的要纠正，不足的要加点劲。他以斩钉截铁的语言阐明了当时必须作出明确回答的重大问题:党的十一届三中全会制定的路线、方针、政策，包括我们发展战略的“三部曲”没有错；党的十三大概括的“一个中心、两个基本点”的路线没有错。如果说有错误的话，就是坚持四项基本原则还不够一贯，没有把它作为基本思想来教育人民、教育学生、教育全体干部和共产党员。我们原来制定的基本路线、方针、政策，照样干下去，坚定不移地干下去。
1989年6月23日至24日，党召开十三届四中全会。鉴于赵紫阳在制止动乱的关键时刻所犯的严重错误，以及他主持中央工作以来，由于消极对待坚持四项基本原则给党的事业造成的严重损失，全会决定撤销他所担任的党内一切领导职务，并对中央领导机构部分成员进行调整。全会选举江泽民为中央委员会总书记；增选江泽民、宋平、李瑞环为中央政治局常委，政治局常委会由江泽民、李鹏、乔石、姚依林、宋平、李瑞环组成。江泽民在会上表示:这次中央领导核心虽然作了一些人事调整，但是，党的十一届三中全会以来的路线和基本政策没有变，必须继续贯彻执行。在这个最基本的问题上，我要十分明确地讲两句话:一句是坚定不移，毫不动摇；一句是全面执行，一以贯之。通过这次全会，党中央明确宣告，党的基本路线和十三大的决策，绝不会因为发生这场政治风波而动摇，从而使党在惊涛骇浪中坚持了建设有中国特色社会主义的正确航向。
在十三届四中全会召开之前和全会以后，邓小平多次郑重提出:现在要真正建立一个新的第三代领导。第三代的领导集体必须有一个核心，要有意识地维护这个核心，就是江泽民同志。他强调:中国的问题关键在于共产党要有一个好的政治局，特别是好的政治局常委会。只要这个环节不发生问题，中国就稳如泰山。他一再表示:新的领导班子一经建立有秩序的工作，我就不再过问。一个国家的命运建立在一两个人的声望上面，是很不健康的，是很危险的。新的领导要一切负起责任，放手工作。“这就是我的政治交代”。
1989年9月4日，邓小平向中央政治局正式提出辞去中共中央军事委员会主席职务的请求。两个月后，党的十三届五中全会批准邓小平的这一请求，同时决定，江泽民为中共中央军事委员会主席。全会认为，邓小平从党和国家的根本利益出发，在自己身体还健康的时候辞去现任职务，实现他多年来一再提出的从领导岗位上完全退下来的夙愿，表现了一个无产阶级革命家的广阔胸怀。全会对他身体力行地为废除干部领导职务终身制作出表率，表示崇高的敬意。
从十三届四中全会到五中全会，以邓小平为核心的第二代中央领导集体和以江泽民为核心的第三代中央领导集体实现了顺利交替，保证了党的政策的稳定性、连续性和国家的稳定，使社会主义改革开放和现代化建设能够继续前进。这是党在政治上高度成熟、组织上坚强有力的明证。
在1989年11月的十三届五中全会后，党中央把一度被延误的治理整顿工作重新提上日程。这一阶段治理整顿大体分两步进行。第一步是在调整结构的同时，以启动市场，争取经济适度发展为侧重点。第二步是将治理整顿、深化改革的重点逐步转到调整产业结构、提高经济效益上来。根据这一部署，国务院从1990年底开始，陆续采取了一系列督促企业提高效益和搞活国有大中型企业的措施。与此同时，在改革开放方面也作出不少新的重大决定。其中最引人注目的是上海浦东的开发。1990年4月，上海浦东开始实行经济技术开发区和某些经济特区的政策。浦东的开发开放迅速启动，在全国人民的支援和上海人民的努力下，浦东地区奇迹般地崛起成百座高楼大厦和其他现代化设施，成为国际化的经济和金融中心之一。上海的国内生产总值在五年内翻了一番，等于再造了一个上海，是二十世纪九十年代我国改革开放进一步深化和取得显著成就的重要标志。
经过全国人民三年的努力，到1991年底，投资和消费需求双膨胀的局面有所缓解，通货膨胀得到控制，流通领域混乱现象得到整顿，经济秩序有所好转。农业生产连续两年丰收，扭转了前四年的徘徊局面。工业生产从1990年下半年开始逐步恢复到正常年份的增长速度。1991年外商直接投资达119.77亿美元，比1989年增长一倍多。外贸实现顺差。这样，治理整顿工作以取得显著成效而基本结束。
在对外关系上，中国成功地挫败了国际反华势力企图扭转中国特色社会主义方向的图谋。在1989年春夏之交的政治风波后，以美国为首的西方国家对中国实行“制裁”，多方施加压力。九十年代初，东欧剧变，苏联解体，社会主义在世界范围内处于低潮。旧的世界格局被打破，新的世界格局尚未形成。世界力量对比严重失衡，中国面临着极大压力和考验。对于这一复杂、严峻的国际形势，邓小平及时作出透彻分析，提出了冷静观察、稳住阵脚、沉着应付、韬光养晦、善于守拙、决不当头、有所作为的战略策略方针。他特别强调，中国自己要稳住阵脚，认真地真正地把改革开放搞下去。国际舆论压我们，要泰然处之，维护我们独立自主、不信邪、不怕鬼的形象。只要沿着自己选择的社会主义道路走到底，谁也压不垮我们。在上述方针指导下，中国在国际上坚持原则，顶住压力，利用矛盾，多做工作，有力地维护了国家的主权和尊严，不断开拓对外工作的新局面。在和平共处五项原则的基础上，中国积极发展了与周边国家的睦邻友好关系，进一步发展了与第三世界国家的传统友好合作，实现了中苏关系向中俄关系的顺利过渡，并同原苏联各共和国和东欧国家建立或发展了正常关系。从1990年下半年起，一些西方国家开始逐步改善同我国的关系。这年7月，日本政府恢复对华贷款。随后，西欧国家恢复对华政府贷款、经济合作与科技交流等。10月，欧洲共同体外长会议决定取消对华“制裁”。中美关系也逐步得到改善，两国外长进行了互访，并就保护知识产权和市场准入问题达成协议。到1992年，中国已同154个国家建立了外交关系，同200多个国家和地区发展了贸易、科技、文化交流与合作。这样，西方国家的“制裁”终于破产。它们没有达到使中国屈服和孤立的目的，反而使中国赢得了更加有利的国际环境和周边环境。
在治理整顿和深化改革的推动下，到1990年底，“七五”计划胜利完成。当年国民生产总值达到17400亿元，国民收入达到14300亿元，均超过计划规定的指标。全国绝大多数地区解决了温饱问题，开始向小康社会过渡。这意味着，十三大确定的经济发展“三步走”战略的第一步目标，已经提前实现。1990年12月，党的十三届七中全会制定了国民经济和社会发展的十年规划，并提出了“八五”计划的建议。社会主义的中国在经受住严峻考验后，更加扎扎实实地向前迈进。